Die Vorschriften zur E-Rechnung so das FinMin gelten auch für gemeinnützige Vereine, wenn sie Dienstleistungen oder Produkte an andere Unternehmen erbringen bzw. verkaufen. Auch wenn ein Verein die Kleinunternehmerregelung für die Umsatzsteuer gewählt hat, gilt die Pflicht zur E-Rechnung. Das bedeutet, dass E-Rechnungen in allen steuerlichen Bereichen eines Vereins erstellt werden müssen, in denen Waren oder Dienstleistungen verkauft werden. Betroffen können somit sein die Sphären Zweckbetrieb, Vermögensverwaltung oder wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb. In besonderen Fällen (passives Sponsoring) ist nach Auffassung der Finanzverwaltung aber auch eine Zuordnung der Rechnung zum ideellen Bereich denkbar. Allerdings gibt es Übergangsfristen: Wenn der Verein im jeweiligen Vorjahr weniger als 800.000 Euro Umsatz erzielt hat, dürfen bis Ende 2027 weiterhin Papier- oder mit Zustimmung des Leistungsempfängers einfache digitale Rechnungen ausgestellt werden. Für Kleinbetragsrechnungen bis 250 Euro gibt es eine freiwillige Ausnahme von der Pflicht.
Vereine sollten sich jedoch darauf vorbereiten, ab dem 01.01.2025 E-Rechnungen empfangen zu können. Für den Empfang von E-Rechnungen ist nämlich keine Übergangsfrist vorgesehen. Dabei stellt das FinMin klar, dass der Empfang von E-Rechnungen den Bereichen Zweckbetrieb, Vermögensverwaltung und steuerpflichtiger wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb zugeordnet werden kann. Demnach wäre eine Verarbeitung von E-Rechnungen im ideellen Bereich nicht erforderlich. Das bedeutet praktisch aber nicht, dass der Verein sie hier ablehnen kann. Es muss sie empfangen und lesen können. Es könnte aber nicht erforderlich sein, sie auch in einem maschinenlesbaren Originalformat zu archivieren. Denkbar ist auch, dass E-Rechnung und PDF in getrennten Dateien versandt werden. Durchsetzen werden sich wohl Formate, bei denen die elektronisch verarbeitbaren Daten der E-Rechnung in PDF-Dateien eingebettet sind, sodass die Rechnung dann auch ohne spezielle Software mit einem PDF-Reader lesbar ist.